Pada tahun 1970 Departemen Agama melalui SK Menteri Agama RI nomor 22 tahun 1970 tentang Penegerian Madrasah Mu’alimin Atas Mambaul-Ulum Awang-Awang Mojosari Kabupaten Mojokerto menjadi Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) 6 tahun Mambaul-Ulum Awang-Awang Mojosari Kabupaten Mojokerto. Yayasan Pendidikan
Mambaul Ulum yang didirikan pada tahun 1961 oleh KH. Moh. Mansur Hamid merupakan salah satu unit pendidikan Madrasah Mualimin. Dalam keputusan selanjutnya segala kekayaan madrasah berupa gedung, lahan, dan alat-alat perlengkapan dipinjamkan tanpa sewa kepada PGAN 6 tahun sebelum Direktorat Pendidikan Agama pada Ditjen Bimas Islam membangun gedung baru. Proses pengelolaan PGAN 6 tahun Mambaul-Ulum diserahkan
kepada Direktorat Pendidikan Agama pada Ditjen Bimas Islam Departemen Agama dan Pengurus Yayasan Mambaul Ulum. Kepala Sekolah pertama dijabat oleh Santosa, B.A. kemudian digantikan oleh Abd. Salam Hamid, B.A. Namun demikian Madrasah Mualimin tetap menyelenggarakan pendidikan bagi siswa yang tetap berminat belajar di Madrasah Mualimin.
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 17 Tahun 1978 tanggal 16 Maret 1978, PGAN 6 tahun Mambaul-Ulum beralih menjadi Madrasah Aliyah Negeri Mojosari. Kepala Madrasah Aliyah Negeri Mojosari pertama dijabat oleh Drs. Mustafa dengan SK Menteri Agama RI nomor B.II/1/11.614/1979 tanggal 8 November 1979. Periode awal Madrasah Aliyah Negeri Mojosari menyewa gedung Perguruan Muhammadiyah Mojosari sebagai tempat penyelenggaraan pendidikan. Pada tahun 1981 tepatnya hari Selasa tanggal 31 Maret 1981 dilakukan serah terima Bagian Proyek Pembangunan Gedung Madrasah Aliyah Negeri Mojosari yang telah selesai, yaitu 3 (tiga) ruang kelas, 4 (empat) kamar mandi/WC, 1 (satu) ruang guru, dan 105 stel meja dan kursi siswa, 3 (tiga) stel meja
dan kursi guru, 3 (tiga) buah almari siswa, 3 (tiga) buah papan tulis, 3 (tiga) stel meja dan kursi kantor, 1 (satu) buah almari kantor, 4 (empat) bak sampah. Pada hari Rabu tanggal 31 Maret tahun1982 dilakukan serah terima Bagian Proyek Peningkatan Sarana Madrasah Aliyah Negeri Mojosari yang telah selesai berupa 3 (tiga) kelas, 1 (satu) ruang gudang, 2 (dua) kamar mandi/WC, dan 105 stel meja dan kursi siswa, 11 (sebelas) stel meja dan kursi
guru, 3 (tiga) papan tulis, 1 (satu) almari guru, 1 (satu) set meja tamu. Penyerahan dan penggunaan bangunan seperti dijelaskan di atas diserahkan dan diresmikan oleh Menteri Agama RI Alamsjah Ratu Perwiranegara pada tanggal 21 April 1982.
Madrasah Aliyah Negeri 1 Mojokerto berdiri di atas tanah seluas 11.094 m2 sebagai sarana pendidikan semakin memantapkan Madrasah Aliyah Negeri 1 Mojokerto untuk meningkatkan proses pembelajaran.
Pada tahun 1989 Kepala Madrasah Aliyah Negeri Mojosari dijabat oleh H. Sry Suparto, S.H. Peningkatan mutu dan kualitas pendidikan mulai tampak, khususnya pada pengembangan Sains pada bidang Fisika, Biologi, dan pendidikan agama. Pada periode ini banyak mendapatkan penghargaan baik dari pemerintah maupun swasta.
Pada tahun 1995 pemimpin Madrasah Aliyah Negeri Mojosari beralih pada Drs. H. Samsuri. Periode ini upaya peningkatan sarana prasarana terus dilakukan karena minat siswa dari SMP maupun MTs terus meningkat.
Kepala Madrasah Aliyah Negeri Mojosari selanjutnya dijabat oleh Drs. Syu’aib Nawawi, M.Ag. Di era ini diadakan perbaikan mutu pendidikan baik pelajaran umum maupun pelajaran agama. Yang menonjol pada periode ini adalah berkembangnya kesenian, terutama seni musik dan seni suara. Hal ini terbukti pada tahun 2003 Madrasah Aliyah
Negeri Mojosari menjadi Juara I Penampilan Terbaik Seni Qosidah Tingkat Provinsi Jawa Timur dan Juara 1 Seni Qosidah tingkat Nasional.
Kepemimpinan Drs. Syu’aib Nawawi, M.Ag. tidak genap lima tahun. Terjadi mutasi kepala madrasah aliyah di lingkungan Kementerian Agama Provoinsi Jawa timur. Pada tanggal 22 Nopember 2006 kepala Madrasah Aliyah Negeri Mojosari dijabat oleh Drs. H. Abd. Shomad, M.Ag. Sebelumnya sebagai kepala Madrasah Aliyah Negeri Sidoarjo. Sementara itu, Drs. Syu’aib Nawawi, M.Ag. menjabat kepala Madrasah Aliyah Negeri Sooko Kabupaten Mojokerto. Pada era Drs. Abd. Shomad, M.Ag. mutu lulusan Madrasah Aliyah Negeri Mojosari diutamakan. Hal ini dibuktikan dengan melengkapi sarana prasana pendidikan dan program-program intensif, antara lain penggalakan Program Intensif Belajar (PIB) baik pelajaran umum maupun pelajaran agama dan meningkatkan pengetahuan siswa menghadapi Era Globalisasi. Hubungan dengan KKM yang berjumlah 13 MAS semakin ditingkatkan.
Kepimimpian Drs. H. Abd. Shomad, M.Ag. berakhir pada tahun 2009, digantikan oleh Dr. Dra. Hanifah, M.M. Secara umum pengembangan pendidikan Madrasah Aliyah Negeri Mojosari pada era ini meneruskan program-program sebelumnya. Yang menonjol di samping meningkatkan SDM tenaga pendidik dan tenaga kependidikan juga meningkatkan mutu pendidikan dan pembelajaran. Dr. Hj. Hanifah, M.M. selalu mendorong baik tenaga pendidik maupun tenaga kependidikan untuk meningkatkan kinerja dan mengembangkan diri dengan cara mengikuti pelatihan, seminar, melanjutkan ke strata 2, dan sebagainya.
Menuju madrasah yang “melek’ teknologi, Beliau selalu mendorong kemampuan SDM di bidang TIK. Pengadaan akses internet untuk memudahkan mencari informasi. Mendirikan Lembaga Penelitian untuk mendorong SDM, utamanya guru agar kreatif menulis. Madrasah terus berbenah, pada tahun 2014 berdiri Ma’had Putri Al Hanif yang merupakan pondok pesantren yang secara terpadu menyediakan pembelajaran agama dalam asrama dan tahfidzul qur’an. Pada tahun 2012 Madrasah Aliyah Negeri Mojosari termasuk salah satu madrasah penyelenggara akselerasi (percepatan) yang merupakan kumpulan siswa cerdas istimewa dapat menyelesaikan studinya selama 2 tahun. Atensi masyarakat dan kepercayaan masyarakat terhadap Madrasah Aliyah Negeri Mojosari (Madrasah Aliyah Negeri 1 Mojokerto) semakin meningkat.
Kepemimpinan Dr. Hanifah,M.M, berakhir pada tahun 2015 tepatnya bulan Agustus. Madrasah Aliyah Negeri Mojosari dijabat sementara oleh Pelaksana Tugas (plt) Drs. Bagus Setaji,M.Pd sampai bulan Maret 2016. Selanjutnya sejak tanggal 11 Maret 2016 Madrasah Aliyah Negeri Mojosari dipimpin oleh Drs.Budi Prayitno, M.Pd. Beliau sangat menekankan pada peningkatan pendidikan karakter siswa dan semua staf madrasah. Di era ini guru dituntut melek IT demi menunjang kinerja guru dengan harapan guru akan lebih bisa mengembangkan wawasan sehingga munculah inovasi dalam pelaksanaan pembelajaran. Terobosan terus dilakukan untuk memajukan Madrasah Aliyah Negeri 1 Mojokerto, antara lain melakukan kerja sama dengan Institut Sepuluh Nopember Surabaya, dengan Program Pendidikan Terapan bidang Teknologi, Informasi dan Komunikasi (prodistik) pada tahun 2015/2016 Madrasah Aliyah Negeri Mojosari telah meluluskan sebanyak 68 siswa dengan IPK sangat memuaskan.
Mulai bulan Oktober 2020 terjadi pergantian Pimpinan dari Bapak Drs. H. Budi Prayitno, M.Pd ke Bapak H. Solikin, S.Pd., M.Pd. Madrasah Aliyah Negeri 1 Mojokerto terus berupaya untuk “Bangkit Berprestasi” sebagai semboyannya. Berbagai prestasi Nasional diraih oleh siswa maupun guru. Prestasi internasional pun bisa diraih oleh guru
MAN 1 Mojokerto. Pada tahun Ajaran 2016/2017 Madrasah Aliyah Negeri 1 Mojokerto ditunjuk sebagai Madrasah Aliyah penyelenggara program keterampilan oleh Direktorat Jenderal Pendidikan Islam. Madrasah Aliyah Negeri 1 Mojokerto terus berbenah untuk meningkatkan kapasitas dengan meningkatkan sumber daya manusia, guru, pendidik dan seluruh stakeholder yang ada. Tahun ajaran 2020/2021 ini telah banyak dilakukan kerjasama dengan berbagai pihak diantaranya dengan Dinas Tenaga Kerja dan Transmigrasi, Badan Lingkungan Hidup, Polres Mojokerto, BNN Jatim, PPLH Seloliman serta dengan berbagai Perguruan Tinggi Negeri maupun Swasta, diantaranya Universitas Islam Negeri Surabaya (UINSA ), Universitas Negeri Surabaya ( UNESA ), Universitas Islam Negeri Malik Ibrahim Malang ( UINMA ), Universitas Negeri Malang ( UM ), Universitas Brawijaya, Universitas Islam Majapahit Mojokerto, Institut Agama Islam Uluwiyah Mojosari, Institut KH Abdul Chalim Pacet, serta Perguruan Tinggi yang lain.
Pada tanggal 13 Maret 2023 kepemimpinan Solikin, S.Pd., M.Pd. digantikan oleh Drs. Bagus Setiaji, M.Pd. Pada periode ini, Beliau menggaungkan madrasah digital yang nantinya diharapkan dapat meningkatkan prestasi di bidang akademik dan non akademik. Semoga kepemimpinan periode ini dapat menjadikan madrasah semakin dikenal masyarakat luas.