Madrasah di Mojokerto mendukung 2 misi Kementerian Agama antara lain :

1. 1. Meningkatkan akses dan kualitas Pendidikan umum dengan kekhasan agama, pesantren, Pendidikan keagamaan
2. 2. Meningkatkan tata kelola pemerintahan yang baik (Good Governance)

Misi MAN 1 Mojokerto sejalan dengan upaya pencapaian Visi Kementerian Agama dan menggambarkan tindakan yang disesuaikan dengan tugas dan fungsi MAN 1 Mojokerto serta dapat dijabarkan dalam sasaran dan indikator kinerja.
Adapun Visi Madrasah adalah, sebagai berikut :

1. Meningkatkan iman dan takwa dari seluruh warga madrasah
2. Mengembangkan wawasan kebangsaan, cinta tanah air, peduli lingkungan, sikap toleransi dan moderasi beragama.
3. Menciptakan budaya hidup Bersih, sehat, ramah, peduli sesama dan anti narkoba.
4. Membangun budaya madrasah yang unggul dan mendorong semangat untuk berprestasi.
5. Menyelenggarakan pendidikan yang menghasilkan lulusan berkualitas akademik dan nonakademik berakhlakhul karimah serta berdaya saing.
6. Mengembangkan SDM madrasah yang berintegritas, kompeten, professional dan berdaya saing.
7. Meningkatkan kerja sama yang berkesinambungan dengan masyarakat, Perguruan tinggi, dunia usaha dan dunia industri serta stakeholder lainnya.
8. Mengembangkan sistem manajemen madrasah, pembelajaran dan tata kelola layanan berbasis Digital dan penjaminan mutu.
9. Membangun madrasah sebagai mitra terpercaya masyarakat dengan tata kelola yang optimal dan kemitraan yang kuat.